À época, o Agrupamento era constituído por quatro Jardins de Infância  e oito Escolas Primárias (Nº 2 – Rua das Gaivotas, Nº 8 – Helena Vaz da Silva, Nº 12 – Rua da Rosa, Nº 29 – Rua do Telhal, Nº 37 – Rua do Passadiço, Nº 73 – Largo do Carmo, Nº 75 – Rua da Madalena e Escola da Sé) e a Escola do 2º Ciclo Fernão Lopes, onde se situava a sede do Agrupamento.

Em julho de 2006, foi integrada no Agrupamento a Escola Secundária com 3.º Ciclo Passos Manuel.

Com a extinção da Escola do 2º Ciclo Fernão Lopes, que ocorreu nesse mesmo ano, a sede do Agrupamento foi transferida para o edifício do Antigo Lyceu Central de Passos Manuel. A formalização desta alteração foi publicada na Portaria n.º 127-A/2007, de 25 de janeiro.

Em 2007 foi determinada a extinção da Escola Primária Nº 73 com a integração dos respetivos alunos na Escola Primária N.º 2.

Em julho de 2008, na sequência de nova reorganização da rede escolar, a Escola Nº 75 e a Escola da Sé foram integradas num outro Agrupamento da cidade. Em 2010/11, foi decidida a extinção da Escola Primária N.º 8, com integração dos respetivos alunos na Escola Primária N.º 2.

O Agrupamento passou a ser constituído por quatro Escolas Básicas do 1.º Ciclo com Jardins de Infância (Gaivotas – ex Nº 2; Luísa; Ducla Soares – ex N.º 37; Padre Abel Varzim – ex N.º 12 e São José – ex N.º 29) e a Escola Básica e Secundária Passos Manuel.

Em 2016, o Agrupamento “ganhou” mais uma escola, a Escola Básica do 1º ciclo com Jardim de Infância Maria Barroso.

Em janeiro de 2019, o Agrupamento viu a sua designação alterada para Agrupamento de Escolas Passos Manuel.